Транзитните кораби в българо-румънския участък най-често нарушават правилата за корабоплаване по река Дунав. Това се очерта като тенденция по време на работната среща по съвместен проект между Морските администрации на България и Румъния, която се провежда в Русе. Двете страни разработват обща база данни и правна рамка за корабни проверки, които ще им позволят да обменят информация за нарушителите и да ги санкционират.
До момента и България, и Румъния са имали затруднения да прилагат закона в пълната му тежест, тъй като много често транзитните кораби се възползват от факта, че плавателният път на места попада на българска територия, а на други – на румънска. Сега те ще могат да бъдат проверявани от екип от дадената държава, след което всички данни от проверката автоматично ще влизат в обща система и ще бъдат достъпни и за другата страна. Така ако корабът има предписание от българите да отстрани неизправност до следващото пристанище, което е румънско, румънската морска администрация ще може да проследи дали всичко вече е наред. В противен случай ще бъдат налагани санкции.
Най-честите нарушения, които се наблюдават при транзитните кораби по реката, са свързани с неспазване на забраните при критични участъци и прагове. Стига се до засядане на плавателния съд, нарушава се фарватерът и се налага ново маркиране. Има и случаи, когато корабите минават с висока скорост, без да се съобразят с ограниченията в газенето, при което променят профила на речното дъно и трябва да се прави допълнително драгиране.
В момента се правят проверки на около половината от корабите по реката. Новата система за оценка на риска ще определя по-точно кой плавателен съд подлежи на контрол – според възрастта му, вида на товара и др. Най-тежката санкция е той да бъде спрян от движение по реката, като желанието на България и Румъния е на капитаните, които не спазват правилата, да им бъде налагана забрана да плават в българо-румънския участък за определен срок. Такъв пример има с български капитани в Унгария, на които унгарските речни власти са забранили да пътуват в тяхната част на Дунава.
Освен техническите проверки регулярно се правят и проверки на екипажите по реката за алкохол. Нарушители не липсват, а наказанията им са глоби. Според неофициалната статистика най-често с чашката прекаляват украинските моряци.